Adana'daki FETÖ soruşturması kapsamında, 24 Eylül 2016'da tutuklanan Çomu, 9 Aralık 2016'da tahliye edildi. Adana 11. Ağır Ceza Mahkemesi, 13 Aralık 2018 tarihinde FETÖ yapılanmasına ilişkin Adana'daki ana davada 90 sanık arasında yer alan Çomu'ya FETÖ üyeliğinden 5 yıl 22 ay 15 gün hapis cezası verdi.
Cumhuriyet Gazetesi’nden Alican Uludağ’ın haberine göre; mahkeme, gerekçeli kararının hukuki değerlendirme bölümünde sanık Çomu'nun örgütsel konumunu anlattı. Çomu'nun FETÖ/PDY Silahlı Terör Örgütü'ne ait olduğu sabit olan Kanuni Üniversitesi'nin mütevelli heyeti içerisinde yer aldığına işaret edilen kararda, sanığın kapatılan AGİD isimli derneğin toplantılarına katıldığı, Bank Asya'da 2015'e kadar aktif hesabının bulunduğu, örgütün sohbet adı altındaki toplantılarına 1725 Aralık sürecinden sonra da katılmaya devam ettiği ve kendi işyerinde örgüt mensuplarına sohbet toplantıları düzenlediği anlatıldı.
Sanığın örgüt mensupları ile arasında yakın irtibat ve ilişki bulunduğu, örgüte kurban bağışı adı altında maddi yardımda bulunduğu kaydedilen kararda, sanığın örgüt elebaşısı Gülen'i 2009'da Amerika'da bulunan Pensilvanya şehrindeki karargâhında ziyaret ettiğine dikkat çekildi. Kararda, sanığın, 2013 yılı nisan ayında ABD/Houston'a gittiğinde bir kez daha örgüt elebaşısı ile görüşmek istediğinin ancak Gülen'in rahatsızlığı gerekçesiyle görüşemediğinin anlaşıldığı, sanığın örgütle olan irtibat ve iltisakının örgüte sempati boyutunu aşar nitelikte olduğu vurgulandı.
Çomu, savunmasında suçsuz olduğunu, örgütün ‘sohbet' adı altındaki toplantılarına hiçbir zaman katılmadığını, FETÖ elebaşı Gülen’i ABD'de bulunan karargâhında yalnızca meraktan ziyaret ettiğini öne sürdü.
Mahkeme kararında tanık Mustafa İnan'ın ifadesinde, Çomu'nun fabrikasında o dönemdeki cemaat içerisinde mütevelli heyetinde yer alan şahıslara yemek verdiğini anlatarak, “Yemekten sonra sohbet toplantısı sırasında kendisi bize konuşma yaptı. Kendisinin üniversite mezunu olduğunu, ekonomik açıdan güçlü bir konumda ve bilgiye sahip olduğunu ancak Gülen'in yanında bir hiç olduğunu söyledi ve cümlesinin sonunda ‘Ben, Fethullah Gülen âşığı bir insanım' şeklinde söylemişti. Ben 2010 yılında bu cemaatten ayrıldım. Benim anlattığım olaylar 2010 yılı öncesidir” dedi.
İşadamı Çomu'nun 13 Aralık 2018'de FETÖ'den ceza almasının ardından İlim Yayma Cemiyeti Adana Şube Başkanlığı 7. Olağan Genel Kurulu 28 Ocak 2019'da yapıldı. Tek aday olan Çomu'nun yeniden şube başkanı seçildiği genel kurula, AKP Adana Milletvekili Ahmet Zenbilci, dönemin Büyükşehir Belediye Başkanı Hüseyin Sözlü, il müftüsü Hasan Çınar, Adana Sanayi Odası Başkanı Zeki Kıvanç da katıldı. Burada bir konuşma yapan İlim Yayma Cemiyeti Genel Bakanı Yusuf Tülün, başkan seçilen Çomu'yu şu sözlerle övdü:
“2019 yılı itibarıyla 175 şube, 179 öğrenci yurdu ve 68 eğitim merkezine sahip cemiyetimizin ana gayesi; dini yönü güçlü, vatan ve bayrak sevdalısı nesil yetiştirme çabasıdır. Bu çaba için şube yönetimi ile birlikte kendisini adayan, nesil yetiştirme çabasında gecesini gündüze katıp bu yurt inşaatını teşekkül ettirmek için tüm sıkıntılarına rağmen dimdik ayakta duran Hüseyin Nuri Çomu kardeşimizin biz de genel merkezimiz olarak dimdik yanındayız. Kendisini destekliyoruz ve gayretleri için teşekkür ediyoruz.”