Son dönemde Rektör Prof. Dr. Ahmet Ağırakça'nın kılık kıyafetiyle gündeme gelen Mardin Artuklu Üniversitesi'nin kuruluşunda Ergenekon kumpası mağdurlarından Prof. Dr. Fatih Hilmioğlu'nun önemli katkıları oldu. Üniversitenin kuruluşunun ardından çıkan 7 Temmuz 2007 tarihli ilk senato kararında “Atatürk ilkelerine bağlılık” yer aldı. Kısa süre sonra Hilmioğlu, kumpas Ergenekon davasında gözaltına alındı, 5 yıl tutuklu kaldı. Ve bugün… Artuklu Üniversitesi'nin rektörlük koltuğunda, Arap şeyhi gibi giyinerek çektirdiği fotoğrafları sosyal medyada paylaşan ve “Rektör ve akademisyenler için kep değil, sarık daha uygundur” diyen Prof. Dr. Ahmet Ağırakça oturuyor. Malatya İnönü Üniversitesi Rektörlüğü yaptığı dönemde, Mardin Artuklu ve Adıyaman üniversitelerinin kuruluşuyla da görevlendirilen Fatih Hilmioğlu, o süreci SÖZCÜ'ye şöyle anlattı:”
GELİNEN NOKTA: Bugün bilimselliğinden çok, sarıkla, cübbeyle o üniversitenin gündeme gelmesi gerçekten büyük bir acı. Tablo ortada. Ne Cumhuriyetle ne Atatürk ilke devrimleriyle, ne çağdaş bilimsel üniversite kavramıyla bağdaşmayacak görüntüler. Türk üniversiteleri bulunduğu yerden, son 10 yılda bilimsel üretimde, bilim ve teknoloji üretiminde, eğitimin kalitesinde çok geriye gitti.
5 YIL CEZAEVİNDE YATTI: 8 yıl rektörlük görevinde bulundum, 2008'de emekliye ayrıldım. 2009'da tutuklandım. Ergenekon ve Malatya Zirve davasına dahil edip 5 yıl cezaevinde haksız biçimde yatırdılar. Cezaevindeyken oğlumu kaybettim. Tüm bunların altında aldığım kararların etkili olduğunu herkes bilir.
Kendisini “İslam alimi” olarak tanıtan Mardin Artuklu Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Ahmet Ağırakça, “Rektörlük cübbesi örnekleri ve alternatifleri arıyoruz” deyip Arap şeyhi kıyafeti giydiği fotoğraflarını sosyal medya hesabından paylaşmıştı. Ağırakça kendi görüşünü ise şöyle paylaşmıştı: “Rektör ve akademisyenler için kep değil, sarık daha uygundur, sayın rektör arkadaşlarıma arz ederim.”
Mardin Artuklu Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Ahmet Ağırakça